よくある質問
現在、IHMCIF辞書で定義されている仕様に準拠した統合モデルまたはハイブリッドモデルを受け入れています。この辞書はPDBアーカイブで使用されるPDBx/mmCIF辞書のモジュールの拡張です。 この辞書は、さまざまな実験手法から得られる空間的制約の定義とともに、高分子集合体のマルチスケール、マルチステート、および秩序化されたアンサンブルをサポートします。
できません。X線結晶構造解析、NMR分光法、または電子顕微鏡法を使用して決定された実験構造は、wwPDB OneDep システム を通じて登録すべきです。
できません。ホモロジーモデリングやab initio法を用いて得られた純粋な計算モデルは、Model Archiveに登録すべきです。
統合/ハイブリッドモデルおよび関連する空間的制約は、PDB-IHMにデポジットして、IHMCIF辞書の定義に準拠する必要があります。
空間的制約の導出元となる一次実験データは、対応する実験データリポジトリに登録される必要があります。一次実験データを登録するには、次のガイドラインに従ってくだいさい。
- NMRデータ (wwPDB OneDep システムでは受け入れられません) は BMRB に登録できます。
- 3DEMマップデータはEMDBに登録することができます。
- EM 顕微鏡写真と2DEMクラス平均図はEMPIARに登録できます。
- SAS データは SASBDB に登録できます。
- プロテオミクス データは ProteomeXchange Consortium に登録できます。
これらの登録に関連するアクセッションコードは、PDB-IHM に登録された構造に含まれている必要があります。
モデリングに使用する実験データに対応する一次データリポジトリがない場合は、デジタルオブジェクト識別子（Digital Object Identifier (DOI)）を使用してデータを参照します。 DOIはどのプロバイダーからも取得できます。ZenodoはPDB-IHMの登録者がよく利用するDOIプロバイダーです。
モデルファイルは、IHMCIF辞書に準拠した形式である必要があります。 PDB 形式での登録はできません。
PDB-IHM の構造はダウンロードして、新しい IHM データ 辞書のサポートが組み込まれているUCSF ChimeraX視覚化ソフトウェアを使用し可視化できます。最新の可視化を得るにはデイリービルドのバージョンを使用してください。また、コマンドラインのオプション「format ihm」を使用して、マルチスケール構造を可視化できます。詳細については、ChimeraX関連のnews itemを参照してください。
統合構造はMolstar ビューアを使用して可視化することもできます。Molstar は高分子のデータ配信および分析ツールのため、PDBe と RCSB PDB によって開始された技術スタックを提供するオープンコラボレーションです。 Molstar ビューアは PDB-Dev Web サイト内に埋め込まれており、PDB-Dev の構造は個々のエントリ ページから Molstar を通じて可視化できます。Molstar は、原子構造だけでなくマルチスケール構造も視覚化できます。 詳細はMolstarの関連ニュースをご参照ください。
他の分子可視化ツールを使用し、統合構造の可視化をサポートするための作業が進行中です。登録者にはモデル化された構造の画像を構造と一緒にアップロードすることをお勧めします。
新しい構造を登録する手順については、PDB-IHM 登録ページをご覧ください。
既にリリースされた構造は削除できません。ユーザーは未提出のエントリーを削除できます。他のディポジションを削除するには、お問い合わせフォームもしくはメールでお問い合わせください。
PDB-IHMを引用するには、次のいずれかの参考文献を使用してください：
Vallat B et al., J Mol Biol. 2025; 168963, doi: 10.1016/j.jmb.2025.168963
Vallat B et al., Acta Cryst. 2021; D77: 1486-1496, doi: 10.1107/S2059798321010871
Vallat B et al., Structure. 2018 Jun; 26(6):894-904, doi: 10.1016/j.str.2018.03.011.
PDB-IHMからの構造を引用するには、構造の一次参照文献と PDB/PDB-IHM アクセッション コードを使用してください。
できます。登録データを処理される後にアクセッションコードが発行され、その後エントリーは解放されるか保留されたままになります。wwPDBのポリシーに従って、登録日から最長1年間、エントリーを保留することができます。保留期間の終了時にエントリが解放されない場合、エントリは解放されるか撤回される必要があります。
PDB-IHM エントリは、毎週水曜日の 00:00 UTC (協定世界時) 頃に、新しいリリース、変更されたエントリ、更新されたステータス情報とともに PDB アーカイブと同時に更新されます。更新は前週の金曜日までに準備されます。引用の更新とリリースのリクエストは、前週の木曜日の正午 (東部標準時) までに helpdesk@pdb-ihm.org を連絡する必要があります。完了しており、引用の更新のみが必要なエントリは、現在のリリースに含まれます; リリース前に追加のキュレーションが必要なエントリと、更新がパッケージ化された後に受信したリクエストは、次のリリースサイクルで表示されます。 FTP アーカイブ内のファイルには、内部更新パッケージの木曜日のタイムスタンプが付いています。
私達は新しいデータ登録システムを開発した。このシステムは、PDB-IHMで統合構造をアーカイブするために、すべて必要な情報収集と準拠したmmCIFファイル作成ためのWebインターフェイスを提供する。また、統合構造、関連する空間的制約と使用される開始モデル、モデリングプロトコルおよびメタデー
このデータ登録システムは多様なと異質なタイプの統合構造および拘束データを収集するための自動メカニズムを提供する。このシステムは、DERIVA 科学資産管理プラットフォームを使用して開発されており、IHMCIF 辞書と親の PDBx/mmCIF 辞書の定義に基づきます。
アカウントの作成とデータ提出に関するドキュメントを含むユーザーガイドも作成されました。
ご意見・ご感想があれば、helpdesk@pdb-ihm.orgまでご連絡ください。